Về vụ án:
Sau khi Tổng trấn Lê Văn Duyệt mất, vua Minh Mạng cho bãi chức Tổng trấn Gia Định Thành, và đổi 5 trấn ra thành 6 tỉnh, là: Gia Định, Biên Hòa, Vĩnh Long, Định Tường, An Giang và Hà Tiên . Lại đặt các chức Tổng đốc, Tuần phủ, bố chính, Án Sát, Lãnh binh như các tỉnh ở ngoài Bắc. Đến khi Bạch Xuân Nguyên đến làm Bố chính ở Phiên An (tức tỉnh Gia Định), nói rằng phụng mật chỉ truy xét việc riêng của Lê Văn Duyệt, rồi đòi hỏi chứng cứ, đồng thời trị tội các tôi tớ của ông Duyệt. Vì bị bức, con nuôi ông Duyệt là Lê Văn Khôi bèn khởi binh chống lại (xem Cuộc nổi dậy Lê Văn Khôi).
Nhận được tin cáo cấp, vua Minh Mạng liền sai quân đi đánh dẹp, đồng thời ban trách Lê Văn Duyệt đã "che chở quân phỉ đảng, để gây nên bọn loạn" . Tuy nhiên, theo một số tài liệu thì vua Minh Mạng vốn có thù hằn lâu ngày với Tả quân Lê Văn Duyệt, rất có thể vì:
Ông Duyệt không ủng hộ việc Minh Mạng lên ngôi mà ủng hộ con của Hoàng tử Cảnh khi vua Gia Long băng hà.
Lê Văn Duyệt nhiều lần lạm quyền, hoặc làm sai ý triều đình trung ương , đặc biệt là sau khi vua Gia Long qua đời.
Lê Văn Duyệt ít học, bản chất quan võ nóng nảy, nói năng cộc lốc, chẳng biết chiều đón ý vua, khi tấu đối thường không vừa ý Minh Mạng
Ông Duyệt tỏ ý ủng hộ các nhà truyền đạo Cơ đốc Châu Âu làm nghịch ý vua Minh Mạng.
Ông Duyệt được hưởng quyền "nhập triều bất bái" (vào triều không phải lạy) từ thời Gia Long, nên sau này ông không lạy vua Minh Mạng. Điều này đã làm nhà vua khó chịu .
Dù không ưa nhưng vua Minh Mạng chưa thể làm gì Lê Văn Duyệt, vì công lao và uy quyền của ông quá lớn . Cho nên sau khi triều đình dẹp xong cuộc nổi dậy Lê Văn Khôi (1835), nhân Phan Bá Đạt ở Đô Sát Viện dâng sớ kể tội Tả quân, Minh Mạng liền dụ cho đình thần nghị xử. Đến khi nghị án xong, có bảy tội nên trảm (chém), hai tội nên giảo (thắt cổ), một tội phải sung quân.
Án đệ lên, sau đó, vua Minh Mạng ra dụ có đoạn rằng:
Tội Lê Văn Duyệt nhổ từng cái tóc mà kể cũng không hết, nói ra đau lòng, dù có bửa quan quách mà giết thây cũng là đáng tội. Song nghĩ hắn chết đã lâu và đã truy đoạt quan tước, xương khô trong mả, chẳng cần gia hình chi cho uổng công. Vậy cho tổng đốc Gia Định đến chỗ mả hắn cuốc bỏ núm mộ san bằng mặt đất và khắc đá dựng bia ở trên viết to mấy chữ: "Quyền yêm Lê Văn Duyệt phục pháp xứ" (Chỗ này là nơi quyền yêm Lê Văn Duyệt phục pháp)
Sau đó, lệnh được thực hiện theo như lời dụ. Ngoài ra, mộ cha mẹ ông ở Long Hưng (nay thuộc Châu Thành, Tiền Giang) cũng bị đục bỏ tước hiệu khắc trên bia
Cũng tại vua Minh Mạng có thừ oán nên đã giáng tội cho Lê Văn Duyệt
Đúng lại ông vua bất chính lợi dụng quyền để giáng tội cho người có công lớn như Lê Văn Duyệt
