Nguyên nhân cơ bản nhất cho những thành công của nhà Trần là chính sách đoàn kết nội bộ của những người lãnh đạo. Dù trong hoàng tộc nhà Trần có những người phản bội theo nhà Nguyên nhưng nước Đại Việt không bị mất, nhờ sự ủng hộ của đông đảo dân chúng[7].
Còn một nguyên nhân nữa phải kể tới trong thành công của nhà Trần là đội ngũ tướng lĩnh xuất sắc, nòng cốt lại chính là các tướng trong hoàng tộc nhà Trần. Dù xuất thân quyền quý nhưng các hoàng tử, thân tộc nhà Trần, ngoài lòng yêu nước - và bảo vệ quyền lợi dòng tộc - số lớn là những người có thực tài cả văn lẫn võ. Thật hiếm dòng họ cai trị nào có nhiều nhân tài nổi bật và nhiều chiến công như nhà Trần, đặc biệt là thế hệ thứ hai: Trần Quốc Tuấn, Trần Thánh Tông, Trần Quang Khải, Trần Nhật Duật đều là những tên tuổi lớn trong lịch sử Việt Nam. Đó là chưa kể tới Trần Thủ Độ, Trần Khánh Dư, Trần Quốc Toản...[8].
Theo các nhà nghiên cứu, chiến thắng của nhà Trần có được nhờ vào sự sáng suốt của các tướng lĩnh trong chiến thuật, đứng đầu là Trần Hưng Đạo. Trong khi tác chiến, các tướng lĩnh nhà Trần chủ động tránh lực lượng hùng hậu người Mông mà đánh vào các đạo quân người Hán bị cưỡng bức theo quân Mông sang Đại Việt. Tâm lý của những người mất nước và phải chịu sự quản thúc của người Mông khiến các đạo quân này nhanh chóng tan rã, sức kháng cự thấp. Một cánh quân tan rã có tác động tâm lý lớn tới các đạo quân còn lại trên toàn mặt trận[9].
Mông-Nguyên đương thời là đế quốc lớn nhất thế giới. Những nơi người Mông bại trận lúc đó như Ai Cập quá xa xôi, Nhật Bản và Nam Dương đều có biển cả ngăn cách và quân Mông cũng không có sở trường đánh thủy quân, lại gặp bão to (Thần phong) nên mới bị thua trận. Thế nhưng nước Đại Việt lúc đó nằm liền kề trên đại lục Đông Á, chung đường biên giới cả ngàn dặm với người Mông mà người Mông vẫn không đánh chiếm được. Một đế quốc đã nằm trùm cả đại lục Á - Âu mà không lấy nổi một dải đất bé nhỏ ở phía nam. Tổng cộng 3 đợt xuất quân, Mông-Nguyên huy động hơn 60 vạn lượt quân, trong khi dân số Đại Việt khi ấy chưa đầy 4 triệu. Có so sánh tương quan lực lượng với kẻ địch và vị trí địa lý với những quốc gia làm được điều tương tự mới thấy được sự vĩ đại của chiến công 3 lần đánh đuổi Mông-Nguyên của nhà Trần.
Theo giáo sư Đào Duy Anh thì có 3 nhược điểm khiến quân Mông Nguyên thất bại ở Đại Việt[10]:
1.Người Mông Cổ đi đánh xa, chỉ mong cướp bóc nuôi quân, nếu không được thì dễ bị khốn vì thiếu lương.
2.Quân Mông Nguyên là người phương bắc, không hợp thuỷ thổ.
3.Đại đa số quân lính là người Trung Hoa bị chinh phục, tinh thần chiến đấu không có, gặp khó khăn là chán nản.
Chiến công của nhà Trần nhìn chung được nhiều thế hệ nhân dân ca ngợi qua các thần tích, vè và những lời truyền tụng trong dân gian. Sang thế kỷ 20, Trần Trọng Kim và Phan Kế Bính cũng ca tụng nhiều về chiến thắng đó[11].
Sách Việt sử tiêu án của Ngô Thì Sĩ ca ngợi chiến công đánh quân Nguyên, nhưng chê trách việc dâng công chúa An Tư cho Thoát Hoan là hạ sách[12].
Riêng Khâm định Việt sử Thông giám Cương mục của nhà Nguyễn, Tự Đức không khen ngợi, cho rằng nhà Trần gặp may vì các tướng Nguyên sang Đại Việt đều không giỏi. Tuy nhiên rõ ràng những tướng Nguyên như Ngột Lương Hợp Thai, Toa Đô, Ô Mã Nhi hay Lý Hằng đều là những tướng lính dày dạn trận mạc, từng tham gia diệt Nam Tống và Đại Lý. Đặc biệt là Ngột Lương Hợp Thai, được xếp vào hàng công thần thứ 3 của nhà Nguyên, từng tham gia đánh nước Kim của người Nữ Chân; tấn công Đức và Ba Lan dưới cờ của Bạt Đô, tấn công Vương quốc Bagdad cùng Húc Liệt Ngột, và diệt nước Đại Lý chỉ trong vài tuần. Trần Xuân Sinh trong Thuyết Trần phản bác quan điểm này và cho rằng những lời bình luận đó là "ngớ ngẩn"[13]:
Nguyên chúa Hốt Tất Liệt anh hùng, rất giỏi quân sự, đâu có sai đi nam chinh những đồ vô dụng. Quân Mông Cổ hùng mạnh, đã thắng quân ta ở Lạng Sơn, Nội Bàng và Vạn Kiếp, chiếm đóng kinh thành Thăng Long, lại thắng lớn ở ngoài khơi Quảng Yên... thế rất lớn, nhiều nơi lâm nguy... Vua quan triều Nguyễn đã làm lệch lạc lịch sử. Các tướng nhà Nguyên không phải không giỏi,... thua chỉ vì gặp các tướng nhà Trần giỏi hơn mà thôi