Trong lớp vỏ rễ cây thuỷ sinh đều có những khoang rỗng tương đối lớn giữa các tế bào, thông với nhau thành một hệ thống dẫn khí. Đặc biệt, biểu bì rễ cây là một lớp màng mỏng mờ đục, cho phép lượng ôxy ít ỏi hoà tan trong nước thấm qua (thẩm thấu), vào trong rễ. Theo các khoang rỗng giữa các tế bào, ôxy được phân tán đi khắp rễ, cung cấp đầy đủ dưỡng khí cho bộ phận này hô hấp.
Ngoài ra, để thích nghi với môi trường nước, một số thực vật thuỷ sinh còn có cấu tạo đặc biệt. Ví dụ loài sen. Tuy chúng sống trong bùn, một môi trường rất yếm khí, hô hấp tự nhiên gặp khó khăn, nhưng trong ngó sen lại có rất nhiều lỗ to nhỏ khác nhau. Những lỗ này ăn thông với các lỗ trên cuống lá, đồng thời trong lá lại có nhiều khoang rỗng ăn thông với khí khổng của lá. Vì vậy ngó sen tuy nằm sâu trong bùn nhưng vẫn sống bình thường nhờ tự do thở qua mặt lá.
Một ví dụ khác là củ ấu, rễ của nó cũng mọc trong bùn, nhưng cuống lá phình to, hình thành rất nhiều túi khí, chứa đủ khí để cho rễ thở. Hay như bèo ong, dưới lá có rất nhiều rễ củ. Kỳ thực không phải rễ thật mà là biến dạng của lá, đảm nhiệm tác dụng của rễ.