* Giai đoạn thứ nhất ( 1885 - 1888)
Lúc đầu, "Triều đình Hàm Nghi" với sự phò tá của 2 người con Tôn Thất Thuyết là Tôn Thất Đàm và Tôn Thất Thiệp, Đề đốc Lê Trực, Tri phủ Nguyễn Phạm Tuân di chuyển và chiến đấu ở vùng rừng núi Quảng Bình; sau phải vượt Trường Sơn, qua đất Hạ Lào về vùng sơn phòng Ấu Sơn (Hà Tĩnh). Đây là trang sử vẻ vang hiếm có của một ông vua yêu nước khi dòng họ mình nói chung đã hàng giặc. Để chiến đấu lâu dài, Tôn Thất Thuyết và Trần Xuân Soạn quyết định vượt vòng vây đi xây dựng lực lượng kháng chiến ở Thanh Hoá, rồi qua Trung Quốc.
Tháng 12-1886, theo lệnh Toàn quyền Pôn Be (P. Bert), Đồng Khánh xuống 1 dụ kêu hàng, nhưng không một ai trong "Triều đình Hàm Nghi" chịu buông súng.
Ngược lại, chưa bao giờ cả nước ta lại có nhiều cuộc khởi nghĩa đến như thế dưới ngọn cờ Cần Vương. Trong giai đoạn đầu này, phong trào Cần Vương trải rộng từ địa bàn trung tâm ra Bắc và Nam Kỳ. Ở Trung Kỳ, trước hết là Quảng Bình với Lê Trực, Nguyễn Phạm Tuân ; Quảng Nam là Trần Quang Dự, Nguyễn Hàm, Nguyễn Duy Hiệu ; Quảng Ngãi là Lê Trung Đình ; Bình Định là Mai Xuân Thưởng . . .
Bắc Kỳ cũng có nhiều cuộc khởi nghĩa quan trọng như Đốc Tít ở Đông Triều, Cai Kinh ở Bắc Giang, Nguyễn Quang Bích ở Tây Bắc...Đặc biệt, xứ Bắc Kỳ cũng đang hình thành những cuộc khởi nghĩa lớn, có sức chiến đấu mạnh mẽ, có tiếng vang như Tạ Hiện ở Thái Bình, Nam Định; Nguyễn Thiện Thuật ở Hưng Yên, Hải Dương; Phạm Bành, Đinh Công Tráng ở Thanh Hóa; Lê Ninh, Phan Đình Phùng ở Đức Thọ, Hương Khê (Hà Tĩnh)...
* Giai đoạn thứ hai ( 1888- 1896)
Đêm 1-11-1888, vua Hàm Nghi bị giặc bắt do sự phản bội của Trương Quang Ngọc tại vùng núi Tuyên Hóa (Quảng Bình). Ông bị đày đi Angiêri.
Trong điều kiện ngày càng khó khăn, số lượng các cuộc khởi nghĩa có giảm bớt, nhưng lại tập trung thành những trung tâm kháng chiến lớn.
Tại Thanh Hóa, cứ điểm Ba Đình bị san phẳng sau cuộc tiến công dài ngày đầu tháng 1-1887 của 3000 quân Pháp. Phạm Bành, Đinh Công Tráng mở đường máu về căn cứ Mã Cao (Yên Định) theo kế hoạch đã định. Họ đã chiến đấu ở Mã Cao nhiều tháng trời, thắng nhiều trận đáng kể và chỉ rút lui khi Mã Cao bị vỡ vào mùa thu 1887.(5)
Nhưng dưới sự lãnh đạo của Tống Duy Tân ở Vĩnh Lộc và sự trợ giúp của các thủ lĩnh người Thái là Cầm Bá Thước, người Mường là Hà Văn Mao, ngọn lửa Ba Đình lại được thổi lên, gọi là khởi nghĩa Hùng Lĩnh, kéo dài tới năm 1892.
Cuộc khởi nghĩa Bãi Sậy của Nguyễn Thiện Thuật nổ ra từ năm 1885, với lối đánh du kích, biến hóa phân tán, dựa vào thiên nhiên của nghĩa quân Bãi Sậy, tuy không có những trận đánh lớn như ở Ba Đình nhưng cũng gây cho quân Pháp nhiều tổn thất.
Cuộc khởi nghĩa lớn nhất, kéo dài suốt thời Cần Vương là khởi nghĩa Hương Khê. Kế thừa cuộc khởi nghĩa đầu tiên của Lê Ninh ở Đức Thọ, Hà Tĩnh, Tiến sĩ Phan Đình Phùng với sự trợ giúp của Cao Thắng, Ngô Quảng, Cao Đạt, Hà Văn Mỹ, Nguyễn Chanh, Nguyễn Trạch... đã đưa cuộc khởi nghĩa này lên tầm vóc lớn nhất, độc đáo nhất thời Cần Vương.
Phan Đình Phùng đã chia địa bàn 4 tỉnh: Thanh, Nghệ, Tĩnh, Bình thành 15 quân thứ, xây dựng những chiến tuyến cố định, mạnh (Cồn Chùa, Thượng Bồng - Hạ Bồng, Trùng Khê - Trí Khê, Vụ Quang) kết hợp lối đánh du kích với lối đánh lớn chiến tuyến cố định, cuộc khởi nghĩa Hương Khê đã gây cho quân Pháp nhiều tổn thất. Phó tướng Cao Thắng, hy sinh lúc mới 30 tuổi là người có tài chế súng theo kiểu năm 1874 của Pháp. Thực dân Pháp phải huy động một lực lượng quân sự lớn, không kể cả 3000 ngụy quân của Nguyễn Thân, vượt xa cả quân số, vũ khí khi chúng tấn công thành Ba Đình. Những chiến thắng của Phan Đình Phùng như trận đánh úp thành Hà Tĩnh, bắt sống Tri phủ Đinh Nho Quang 1892, trận Vạn Sơn tháng 3-1893, trận tập kích Hà Tĩnh lần thứ hai năm 1894 và trận Vụ Quang tháng 10-1894 được coi là một thành tựu của nghệ thuật quân sự Việt Nam lúc đó.
Phan Đình Phùng tạ thế ở núi Quạt (Hà Tĩnh) ngày 28-12-1895 để lại bài thơ Tuyệt mệnh vào loại xuất sắc trong văn học cận đại. 23 bộ tướng của ông cũng bị giặc Pháp bắt và xử tử tại Huế. Đầu năm 1896, những tiếng súng cuối cùng của phong trào Cần Vương chấm dứt.
Phong trào Cần Vương cuối thế kỷ XIX là phong trào dân tộc, phong trào yêu nước chống chủ nghĩa thực dân xâm lược kết hợp với chống triều đình phong kiến đầu hàng đã diễn ra sôi nổi, rộng khắp. Phong trào tuy thất bại nhưng đã tô thắm thêm truyền thống anh hùng, bất khuất của dân tộc Việt Nam.