Đoạn mồi là những đoạn DNA đơn (oligonucleotide) có kích thước chỉ vài
chục base (18-30), có thể bắt cặp theo nguyên tắc bổ sung vào đoạn khởi đầu và
đoạn kết thúc của chuỗi DNA đích khi chuỗi này biến tính thành sợi đơn. Trong
thử nghiệm PCR, đoạn mồi có hai vai trò chính: Một là quyết định nên tính đặc hiệu
của thử nghiệm, vì nếu đoạn mồi được chọn càng đặc hiệu cho chuỗi đích, nghĩa là
chỉ có thể bắt cặp trên chuỗi đích mà không thể bắt cặp trên chuỗi DNA khác thì sản
phẩm PCR càng đặc hiệu và thử nghiệm PCR càng đặc hiệu. Vai trò thứ hai là khởi
động men polymerase vì men polymerase chỉ có thể bắt đầu tổng hợp sợi bổ sung
cho chuỗi DNA đích một khi nó nhận dạng được đầu 3’ (là đầu mà nó xúc tác cho
13 một dNTP được gắn vào) đang ở tình trạng sợi đôi. Thông thường trong phản ứng
PCR, người ta dùng một cặp mồi, gọi là primer set, trong đó có một mồi lên gọi là
up-stream primer và một mồi xuống gọi là down-steam primer. Cặp mồi này quyết
định kích thước của sản phẩm PCR. Chúng càng bắt cặp trên chuỗi đích xa nhau
bao nhiêu thì kích thước của sản phẩm PCR càng lớn bấy nhiêu và ngược lại, càng
gần nhau bao nhiêu thì kích thước càng nhỏ bấy nhiêu.
Vệc chọn mồi là giai đoạn quyết định của phương pháp PCR, và phải tuân
thủ một số quy tắc sau [5].
- Trình tự của mồi được chọn sao cho không thể có sự bắt cặp bổ sung giữa mồi
“xuôi” và mồi “ngược”, và cũng không có những cấu trúc “kẹp tóc” do sự bắt cặp
bổ sung giữa các phần khác nhau của một mồi.
- Tm của mồi xuôi và mồi ngược không cách biệt quá xa. Thành phần nucleotide
của các mồi cân bằng tránh các cặp GC lặp đi lặp lại nhiều lần.
- Các mồi chọn phải đặc trưng cho trình tự DNA cần khuếch đại, không trùng bới
các trình tự lặp lại trên gen.