Nguyên nhân của đột biến gen:
+) các bazơ nitơ thường tồn tại thành 2 dạng cấu trúc là dạng thường và dạng hiếm. Các dạng hiếm ( hỗ biến ) có những vị trí liên kết hiđrô bị thay đổi làm cho chúng kết cặp bổ sung không đúng khi nhân đôi, từ đó dẫn đến phát sinh đột biến gen
vd: ađênin dạng hiếm (A*) có thể làm biến đổi cặp A*-T thành cặp G-X
+) Đột biến gen còn phát sinh do tác động của các tác nhân vật lí , hóa học hoặc do sự rối loạn trao đổi chất xảy ra trong tế bào .Các tác nhân này làm biến đổi cấu trúc của gen gây đột biến gen. Đột biến gen có thể phát sinh trong tự nhiên hoặc do con người sử dụng các tác nhân gây đột biến tạo ra( đột biến nhân tạo)
vd: người ta có thể gây đột biến cam từ có hạt chuyển sang không hạt để tăng năng suất và chất lượng cam bằng côxinxin