H
hardyboywwe
[TẶNG BẠN] TRỌN BỘ Bí kíp học tốt 08 môn
Chắc suất Đại học top - Giữ chỗ ngay!!
ĐĂNG BÀI NGAY để cùng trao đổi với các thành viên siêu nhiệt tình & dễ thương trên diễn đàn.
A)Primase
DNA primase là một RNAP enzyme tham gia vào sự sao chép của DNA.
Primase xúc tác sự tổng hợp của một phân đoạn RNA ngắn (gọi là mồi ) bổ sung một ssDNA mẫu. Primase là tầm quan trọng quan trọng trong việc sao chép DNA vì không được biết đến polymerase DNA có thể bắt đầu tổng hợp của một DNA sợi mà không có một RNA hoặc DNA mồi ban đầu (kéo dài DNA tạm thời).
hức năng
Ở vi khuẩn, primase liên kết với DNA helicase tạo thành một phức tạp được gọi là primosome . Primase được kích hoạt bởi helicase DNA sau đó tổng hợp mồi RNA ngắn dài khoảng 11 ± 1 nucleotide, mà mới nucleotide có thể được thêm vào bởi DNA polymerase.
Các phân đoạn RNA đầu tiên kéo dài bởi polymerase DNA và sau đó được tổng hợp bởi primase. Sau đó, các polymerase DNA tạo thành một phức hợp protein với hai tiểu đơn vị primase để tạo thành primase polymerase DNA alpha phức tạp. Primase là một trong những polymerase dễ bị lỗi nhất và chậm chạp.Primases trong các sinh vật như E. coli , tổng hợp khoảng 2000 đến 3000 mồi với tốc độ của một lớp sơn lót cho mỗi thứ hai. Primase cũng hoạt động như một cơ chế ngăn chặn để ngăn chặn các sợi hàng đầu nhanh hơn sợi tụt hậu bằng cách ngăn chặn sự tiến triển của các ngã ba sao chép . bước xác định tỷ lệ trong primase là khi các trái phiếu phosphodiester đầu tiên được hình thành với các ssDNA . Cấu trúc tinh thể của primase trong E. coli với cốt lõi có chứa các protein DnaG được xác định trong năm 2000 . phức tạp DnaG và primase điều được định hình và có ba tên miền phụ. Các tên miền phụ trung tâm hình thức một lần toprim được làm bằng một tấm hỗn hợp beta năm và sáu xoắn alpha . lần toprim được sử dụng cho các nhà quản lý ràng buộc và kim loại. Primase sử dụng một tên miền phosphotrasfer cho sự phối hợp chuyển giao các kim loại, mà làm cho nó khác biệt với các polymerase khác . Các tiểu đơn vị phụ chứa một thiết bị đầu cuối NH2 và COOH của helixes alpha và beta tờ . NH2 thiết bị đầu cuối tương tác với miền ràng buộc, kẽm và khu vực COOH-thiết bị đầu cuối tương tác với DnaB-ID .Các bản sao các cơ chế khác nhau giữa các vi khuẩn và virus khác nhau, nơi liên kết primase covalently helicase virus như T7 bacterialphage . Trong virus như vậy virus herpes simplex (HSV-1), primase có thể hình thành các phức với helicase phức tạp primase-helicase được sử dụng để thư giãn dsDNA và tổng hợp các sợi tụt hậu bằng cách sử dụng RNA mồi Đa số các loại sơn lót được tổng hợp bởi primase hai ba nucleotide dài.
B)Primer
Primer (còn có tên gọi khác là đoạn mồi) là một sợi nucleic acid (hoặc ribonucleic acid) dùng để làm đoạn khởi đầu cho quá trình nhân đôi của DNA. Hầu hết các DNA polymerase (enzyme xúc tác quá trình nhân đôi DNA) không thể bắt đầu tổng hợp một đoạn DNA mới mà thiếu primer. Vì nó chỉ gắn các nucleotide vào sợi primer có sẵn theo nguyên tắc bổ sung với sợi khuôn.
Trong hầu hết các quá trình sao chép DNA tự nhiên, mồi cơ bản cho việc tổng hợp DNA là sợi RNA ngắn. RNA này được tạo ra bởi RNA polymerase, nó được loại bỏ đi và được thay thế bằng DNA bởi DNA polymerase.
Nhiều kỹ thuật sinh học phân tử liên quan đến DNA polymerase, như kỹ thuật xác định trình tự DNA và PCR, cần đến mồi. Mồi dùng cho các kỹ thuật này thường ngắn (khoảng 20 base), là các phân tử DNA được tổng hợp nhân tạo. Cấu trúc thật sự của các mồi này bắt đầu bằng các 3'-hydroxyl nucleoside gắn với một cái gọi là CPG (controlled-pore glass). Đầu 5'-hydroxyl của nucleoside được dimethoxytrityl (DMT) bao phủ nhằm ngăn sự thành lập chuỗi nucleotide. để thêm vào 1 nucleotide thì phải loại bỏ DMT theo cách hóa học, và 1 nucleotide được thêm vào. Đầu 5'-hydroxyl của nucleotide mới bị khóa lại bởi DMT nhằm ngăn chặn sự gắn thêm vào 1 hay nhiều nucleotide trên 1 chuỗi. Sau đó, chu trình được lặo lại đối với mỗi nucleotide bằng 1 mồi. Đây chỉ là mô tả đơn giản, còn quy trình thực tế thì khá phức tạp. Vì thế, hầu hết các phòng thí nghiệm đều không tạo mồi trên chính nó.
Việc xác định trình tự DNA được dùng để xác định nucleotide trong sợi DNA. Phương pháp xác định trình tự được gọi là xác định trình tự dideoxy (hay còn gọi là phương pháp Sanger) dùng mồi làm marker khởi đầu cho phản ứng chuỗi.
Trong PCR, mồi được dùng để xác định các phân đoạn DNA mà được khuyếch đại bởi PCR. Chiều dài của mồi thường không dài hơn 50 nucleotide (Do DNA thường là sợi đôi, nên chiều dài của nó được đo bằng cặp base. Chiều dài của DNA sợi đơn được đo bằng base hay nucleotide), và chùng kết hợp chính xác khởi đầu và kết thúc phân đoạn DNA để được khuyếch đại. Chúng anneal (adhere) khuôn DNA ở điểm khởi đầu và kết thúc, tại đó DNA polymerase gắn và bắt đầu tổng hợp sợi DNA mới.
Việc lựa chọn chiều dài mồi và nhiệt độ nóng chảy của chúng dựa vào một số lý do. Nhiệt độ nóng chảy của mồi được định nghĩa là nhiệt độ thấp hơn nhiệt độ của mồi mà sẽ anneal khuôn DNA và cao hơn nhiệt độ làm mồi rời khỏi khuôn DNA. Nhiệt độ nóng chảy cần tăng lên theo độ dài của mồi. Mồi quá ngắn sẽ làm anneal một số vị trí trên khuôn DNA dài, dẫn đến các bản sao không đặc hiệu. Nói cách khác, chiều dài của mồi bị giới hạn bởi nhiệt độ làm nóng chảy nó. Nhiệt độ nóng chảy quá cao, nghĩa là trên 80 °C, có thể gây ra một số vấn đề do DNA poluymerase ít hoạt động ở nhiệt độ này. Chiều dài tối ưu của mồi vào khoảng 30 đến 40 nucleotide với nhiệt độ nóng chảy vào khoảng 60 °C đến 75 °C. Có một số cách để tính nhệit độ nóng chảy (TM) của mồi. (A, G, C và T tương ứng là số nucleotide của mồi. [Na+] là nồng độ Na+ trong PCR)
DNA primase là một RNAP enzyme tham gia vào sự sao chép của DNA.
Primase xúc tác sự tổng hợp của một phân đoạn RNA ngắn (gọi là mồi ) bổ sung một ssDNA mẫu. Primase là tầm quan trọng quan trọng trong việc sao chép DNA vì không được biết đến polymerase DNA có thể bắt đầu tổng hợp của một DNA sợi mà không có một RNA hoặc DNA mồi ban đầu (kéo dài DNA tạm thời).
hức năng
Ở vi khuẩn, primase liên kết với DNA helicase tạo thành một phức tạp được gọi là primosome . Primase được kích hoạt bởi helicase DNA sau đó tổng hợp mồi RNA ngắn dài khoảng 11 ± 1 nucleotide, mà mới nucleotide có thể được thêm vào bởi DNA polymerase.
Các phân đoạn RNA đầu tiên kéo dài bởi polymerase DNA và sau đó được tổng hợp bởi primase. Sau đó, các polymerase DNA tạo thành một phức hợp protein với hai tiểu đơn vị primase để tạo thành primase polymerase DNA alpha phức tạp. Primase là một trong những polymerase dễ bị lỗi nhất và chậm chạp.Primases trong các sinh vật như E. coli , tổng hợp khoảng 2000 đến 3000 mồi với tốc độ của một lớp sơn lót cho mỗi thứ hai. Primase cũng hoạt động như một cơ chế ngăn chặn để ngăn chặn các sợi hàng đầu nhanh hơn sợi tụt hậu bằng cách ngăn chặn sự tiến triển của các ngã ba sao chép . bước xác định tỷ lệ trong primase là khi các trái phiếu phosphodiester đầu tiên được hình thành với các ssDNA . Cấu trúc tinh thể của primase trong E. coli với cốt lõi có chứa các protein DnaG được xác định trong năm 2000 . phức tạp DnaG và primase điều được định hình và có ba tên miền phụ. Các tên miền phụ trung tâm hình thức một lần toprim được làm bằng một tấm hỗn hợp beta năm và sáu xoắn alpha . lần toprim được sử dụng cho các nhà quản lý ràng buộc và kim loại. Primase sử dụng một tên miền phosphotrasfer cho sự phối hợp chuyển giao các kim loại, mà làm cho nó khác biệt với các polymerase khác . Các tiểu đơn vị phụ chứa một thiết bị đầu cuối NH2 và COOH của helixes alpha và beta tờ . NH2 thiết bị đầu cuối tương tác với miền ràng buộc, kẽm và khu vực COOH-thiết bị đầu cuối tương tác với DnaB-ID .Các bản sao các cơ chế khác nhau giữa các vi khuẩn và virus khác nhau, nơi liên kết primase covalently helicase virus như T7 bacterialphage . Trong virus như vậy virus herpes simplex (HSV-1), primase có thể hình thành các phức với helicase phức tạp primase-helicase được sử dụng để thư giãn dsDNA và tổng hợp các sợi tụt hậu bằng cách sử dụng RNA mồi Đa số các loại sơn lót được tổng hợp bởi primase hai ba nucleotide dài.
B)Primer
Primer (còn có tên gọi khác là đoạn mồi) là một sợi nucleic acid (hoặc ribonucleic acid) dùng để làm đoạn khởi đầu cho quá trình nhân đôi của DNA. Hầu hết các DNA polymerase (enzyme xúc tác quá trình nhân đôi DNA) không thể bắt đầu tổng hợp một đoạn DNA mới mà thiếu primer. Vì nó chỉ gắn các nucleotide vào sợi primer có sẵn theo nguyên tắc bổ sung với sợi khuôn.
Trong hầu hết các quá trình sao chép DNA tự nhiên, mồi cơ bản cho việc tổng hợp DNA là sợi RNA ngắn. RNA này được tạo ra bởi RNA polymerase, nó được loại bỏ đi và được thay thế bằng DNA bởi DNA polymerase.
Nhiều kỹ thuật sinh học phân tử liên quan đến DNA polymerase, như kỹ thuật xác định trình tự DNA và PCR, cần đến mồi. Mồi dùng cho các kỹ thuật này thường ngắn (khoảng 20 base), là các phân tử DNA được tổng hợp nhân tạo. Cấu trúc thật sự của các mồi này bắt đầu bằng các 3'-hydroxyl nucleoside gắn với một cái gọi là CPG (controlled-pore glass). Đầu 5'-hydroxyl của nucleoside được dimethoxytrityl (DMT) bao phủ nhằm ngăn sự thành lập chuỗi nucleotide. để thêm vào 1 nucleotide thì phải loại bỏ DMT theo cách hóa học, và 1 nucleotide được thêm vào. Đầu 5'-hydroxyl của nucleotide mới bị khóa lại bởi DMT nhằm ngăn chặn sự gắn thêm vào 1 hay nhiều nucleotide trên 1 chuỗi. Sau đó, chu trình được lặo lại đối với mỗi nucleotide bằng 1 mồi. Đây chỉ là mô tả đơn giản, còn quy trình thực tế thì khá phức tạp. Vì thế, hầu hết các phòng thí nghiệm đều không tạo mồi trên chính nó.
Việc xác định trình tự DNA được dùng để xác định nucleotide trong sợi DNA. Phương pháp xác định trình tự được gọi là xác định trình tự dideoxy (hay còn gọi là phương pháp Sanger) dùng mồi làm marker khởi đầu cho phản ứng chuỗi.
Trong PCR, mồi được dùng để xác định các phân đoạn DNA mà được khuyếch đại bởi PCR. Chiều dài của mồi thường không dài hơn 50 nucleotide (Do DNA thường là sợi đôi, nên chiều dài của nó được đo bằng cặp base. Chiều dài của DNA sợi đơn được đo bằng base hay nucleotide), và chùng kết hợp chính xác khởi đầu và kết thúc phân đoạn DNA để được khuyếch đại. Chúng anneal (adhere) khuôn DNA ở điểm khởi đầu và kết thúc, tại đó DNA polymerase gắn và bắt đầu tổng hợp sợi DNA mới.
Việc lựa chọn chiều dài mồi và nhiệt độ nóng chảy của chúng dựa vào một số lý do. Nhiệt độ nóng chảy của mồi được định nghĩa là nhiệt độ thấp hơn nhiệt độ của mồi mà sẽ anneal khuôn DNA và cao hơn nhiệt độ làm mồi rời khỏi khuôn DNA. Nhiệt độ nóng chảy cần tăng lên theo độ dài của mồi. Mồi quá ngắn sẽ làm anneal một số vị trí trên khuôn DNA dài, dẫn đến các bản sao không đặc hiệu. Nói cách khác, chiều dài của mồi bị giới hạn bởi nhiệt độ làm nóng chảy nó. Nhiệt độ nóng chảy quá cao, nghĩa là trên 80 °C, có thể gây ra một số vấn đề do DNA poluymerase ít hoạt động ở nhiệt độ này. Chiều dài tối ưu của mồi vào khoảng 30 đến 40 nucleotide với nhiệt độ nóng chảy vào khoảng 60 °C đến 75 °C. Có một số cách để tính nhệit độ nóng chảy (TM) của mồi. (A, G, C và T tương ứng là số nucleotide của mồi. [Na+] là nồng độ Na+ trong PCR)