Theo mình thì khác nhau
1/ Anh ấy thường xuyên đi bộ đến trường (Câu này nói rõ là anh ấy đi bộ)
2/ Anh ấy thường xuyên đi đến trường (câu này không đề cập đến phương tiện đi)
Câu đầu tiên dùng như thế là ổn rồi, cơ mà câu thứ hai nên làm rõ hơn anh ta đi bằng cách nào, phương tiện gì bằng cách thêm by + phương tiện.
VD: He usually goes to school by bus.