Trong nước thải sinh hoạt, đôi khi chứa hàm lượng thuỷ ngân lớn hơn 10 lần so với thuỷ ngân trong tự nhiên (0,001-0,0001 ppm) thuỷ ngân được hấp thụ vào các chất cặn lắng của nước và suối và trở thành nguồn lưu giữ thuỷ ngân gây ô nhiễm thường xuyên cùng với nguồn chính.
Ảnh hưởng độc hại của thuỷ ngân phụ thuộc vào hình thái lọc của chúng.
Hơi thuỷ ngân khi hít vào sẽ qua máu đi vào não, dẫn tới liệt hệ thần kinh trung ương.
Hg2+ có ái lực cao với lưu huỳnh nên dễ dàng tham gia vào thành phần axit amino chứa lưu huỳnh của protein. Chúng tạo liên kết với hồng cầu (hemoglobin) và dịch huyết thanh là hai loại có chứa nhóm SH nhưng Hg2+ không dễ đi qua màng sinh học vì vậy khó xâm nhập tế bào.
Alkyl thuỷ ngân RHg+, đặc biệt CH3Hg+ là độc nhất, nó có thể tan trong mỡ và lipid của màng mô no. Các alkyl thuỷ ngân sẽ tồn trữ lâu trong tế bào gây cản trở hoạt động vận chuyển của các chất nuôi sống tế bào. Đối với tế bào no điều nà dẫn tới rối loạn việc vận chuyển các xung thần kinh dẫn tới bệnh thần kinh phân lập. Methyl thuỷ ngân còn anh hưởng tới sự phân ly nhiễm sắc thể gây đứt nhiễm sắc thể, ngăn cản sự phân chia tế hào. Tất cả các triệu chứng nhiễm độc sẽ xuất hiện khi hàm lượng methyl thuỷ ngân trong máu lớn hơn 0,05 ppm.