Chủ yếu là khi lạm dụng thuốc, đặc biệt là thuốc kháng sinh, có thể dẫn đến việc giết cả những vi khuẩn không gây bệnh ở thời điểm đó. Qua một thời gian những vi khuẩn được "chọn lọc", chỉ còn lại những chủng có khả năng kháng thuốc cao sống, những vi khuẩn gây bệnh khác cần liều thuốc cao hơn để chúng bị chết. Do vậy việc lạm dụng kháng sinh có thể dẫn đến giảm hiệu quả điều trị các bệnh khác.