Nguyên tử là đơn vị cơ bản của vật chất
Nguyên tử để biểu diễn các đơn chất, nguyên tử chỉ có chỉ số là 1 Vd : Cu, Fe, O, S, P,....
Phân tử là hạt đại diện cho chất, gồm một số nguyên tử liên kết với nhau và thể hiện đầy đủ tính chất hoá học của chất
Phân tử là một nhóm trung hòa điện tích có nhiều hơn 2 nguyên tử liên kết với nhau bằng các liên kết hóa học .Phân tử được với biệt với các ion là do chúng không có tích điện. Nguyên tử của phân tử có thể từ một nguyên tố (đơn chất , ví dụ: O2, H2, P4,...) hay nhiều nguyên tố hóa học (hợp chất, như H2O, NH3, CaCO3,...).
Phân tử để biểu diễn các hợp chất , phân tử có chỉ số từ 2 trở lên Vd: O2, Cl2, H2, .....
Thông thường pt dùng trong pt đầy đủ nguyên tử và ion dùng trong pt ion rút gọn