Nếu dùng which sau dấu phẩy mà sau cả câu như thế này thì mình thường sẽ hiểu là phần which đó thay thế cho ý của cả câu luôn nên sử dụng ở đây khá là bất hợp lý. Để mà hợp lý, tự nhiên nhất thì nên viết là The spacecraft which took Yuri Gagarin into space is called Vostok 3KA.
Chúc bạn học tốt!