Chất nền stroma là nơi chứa phân tử DNA và ribosome lục lạp, vì vậy đây cũng là nơi xảy ra những quá trình cấp phân tử, bao gồm tái bản DNA lục lạp, và phiên mã/dịch mã một vài protein lục lạp.
Là nơi xảy ra các phản ứng hóa học :chu kì calvin còn gọi là chuỗi phản ứng oxy hóa khử hóa sinh gồm 3 giai đoạn :cố định cacbon ,khử chất trung gian và tái sinh chất nhận ribulose,(RuBP)